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- CHRONO-ENVIRONNEMENT - Laboratoire Chrono Environnement (UMR 6249)6035
- CLF - Centre Lucien Febvre (UR 2273)72
- CRESE - Centre de REcherche sur les Stratégies Economiques (UR 3190)66
- CRIT - Centre de Recherches Interdisciplinaires et Transculturelles (UR 3224)192
- CRJFC - Centre de recherches juridiques de l'Université de Franche-Comté (UR 3225)134
- ELLIADD - Edition, Littératures, Langages, Informatique, Arts, Didactique, Discours - UFC (UR 4661)1925
- EPILAB - Épigénétique des infections virales et des maladies inflammatoires (UR 4266)87
- FEMTO-ST - Franche-Comté Electronique, Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174)13475
- ISTA - Institut des Sciences et Techniques de l'Antiquité (UR 4011)445
- LDA - Logiques de l'Agir (UR 2274)339
- LMB - Laboratoire de Mathématiques de Besançon (UMR 6623)1186
- MSHE - Maison des Sciences de l'Homme et de l'Environnement Claude-Nicolas Ledoux (UAR 3124)1357
- THEMA - ThéMA - Théoriser et Modéliser pour Aménager (UMR 6049)2127
- UTINAM - Institut UTINAM - Univers, Temps-fréquence, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules (UMR 6213)2699
