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- CHRONO-ENVIRONNEMENT - Laboratoire Chrono Environnement (UMR 6249)168
- CLF - Centre Lucien Febvre (EA2273)4
- CRESE - Production scientifique du CRESE, Centre de REcherche sur les Stratégies Economiques228
- CRIT - Centre de Recherches Interdisciplinaires et Transculturelles (EA 3224)3
- CRJFC - Centre de recherches juridiques de l'Université de Franche-Comté - CRJFC493
- EPILAB - Épigénétique des infections virales et des maladies inflammatoires (EA 4266)310
- FEMTO-ST - Franche-Comté Electronique, Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174)223
- ISTA - Institut des Sciences et Techniques de l'Antiquité (EA 4011)2
- LDA - Logiques de l'Agir (EA 2274)6
- LMB - Laboratoire de Mathématiques de Besançon (UMR 6623)19
- MSHE - Maison des Sciences de l'Homme et de l'Environnement Claude-Nicolas Ledoux (UAR 3124)25
- THEMA - ThéMA - Théoriser et Modéliser pour Aménager (UMR 6049)40
- UTINAM - Institut UTINAM - Univers, Temps-fréquence, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules (UMR 6213)157